داستان دو سال و نیم پس از بازگشت «ناروتو» به دهکده مخفی برگ دنبال می‌شود. او اکنون نینجای باتجربه‌تری شده و مهارت‌های جدیدی آموخته است. «ناروتو» به همراه دوستانش، در مأموریت‌های خطرناک شرکت می‌کند و با دشمنان جدید و قدرتمندی چون سازمان «آکاتسوکی» روبرو می‌شود. هدف اصلی او یافتن «ساسکه» و بازگرداندن او به دهکده است. این مجموعه، پر از نبردهای حماسی، دوستی‌های عمیق و درس‌های زندگی است که مسیر «ناروتو» را به سمت تبدیل شدن به هوکاگه نشان می‌دهد.