در فیلم راهبه : داستان به زمانی برمی‌گردد که یک راهبه جوان، در کلیسایی در رومانی به طرزی مشکوک به قتل می‌رسد. یک کشیش با گذشته‌ای خالی و نسبتاً ترسناک، به همراه یک راهبه تازه‌کار که نزدیک به اتمام دوره آموزشی است، از جانب شهر واتیکان مسئول تحقیق روی این کلیسا و اتفاقات رخ داده در آن می‌شوند. آن‌ها در حین بررسی پرونده، به راز نامقدس و شومی برخورد می‌کنند که نه‌تنها زندگی، بلکه ایمان و همچنین روح خود را به خطر می‌اندازند.