داستان از روزهای جوانی دو افسر آینده‌دار و متفاوت آغاز می‌شود: «جیمز تی. کرک»، جوان سرکش و بی‌پروا، و «اسپاک»، موجودی منطقی و نیمه‌انسانی. مسیر زندگی این دو، در آکادمی «استارفلیت» و با وقوع یک تهدید بزرگ که کهکشان را در آستانه نابودی قرار می‌دهد، به هم گره می‌خورد. اکنون، در اولین ماموریت خطرناک خود، این گروه تازه‌کار باید برای مقابله با نیرویی مخرب متحد شوند و آینده‌ی کهکشان را نجات دهند.