چهار دوست از باغ‌وحش مرکزی نیویورک: «الکس» شیر، «مارتی» گورخر، «ملمن» زرافه و «گلوریا» اسب آبی، پس از فرار از ماداگاسکار، تلاش می‌کنند با یک هواپیمای تعمیر شده به نیویورک بازگردند. اما پرواز آن‌ها با نقص فنی مواجه شده و به صورت اضطراری در دشت‌های آفریقا فرود می‌آیند. آن‌ها که اکنون در سرزمینی پر از حیات وحش و هم‌نوعان خود هستند، با چالش‌ها و موقعیت‌های خنده‌داری روبرو می‌شوند و باید به این واقعیت عادت کنند که دیگر در باغ‌وحش نیستند.