چهار حیوان باغ وحش، قهرمانان داستان «ماداگاسکار» هستند: یک شیر، یک گورخر، یک زرافه و یک اسب آبی. آن‌ها زندگی مرفهی در باغ وحش مرکزی «نیویورک» دارند. اما این زندگی راحت، دیگر برای گورخر کافی نیست و او رؤیای بازگشت به طبیعت وحش را در سر می‌پروراند. تلاش او برای فرار، به یک اتفاق زنجیره‌ای منجر می‌شود که در نهایت، هر چهار دوست را به صورت ناخواسته به سواحل جزیره‌ی گرمسیری «ماداگاسکار» می‌کشاند.