«کالوم لینچ»، محکوم به اعدام، با یک فرصت عجیب برای بقا روبرو می‌شود: به جای مرگ، او به تأسیسات مرموزی منتقل می‌شود تا در برنامه‌ای محرمانه شرکت کند. در آنجا، با استفاده از فناوری پیشرفته‌ای به نام «آنیموس»، او می‌تواند خاطرات جد خود، «آگیلار»، که در قرن پانزدهم در اسپانیا یک «اساسین» بوده، را تجربه کند. «کالوم» هرچه بیشتر در گذشته «آگیلار» کاوش می‌کند، نه تنها حقایق پنهانی از نبرد دیرینه میان «اساسین‌ها» و «تمپلارها» را کشف می‌کند، بلکه متوجه می‌شود که گذشته‌اش تأثیری عمیق بر آینده بشریت دارد.